утверждение ежегодного плана и показателей деятельности Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства, а также отчетов об их исполнении;
внесение в Правительство Российской Федерации по представлению руководителей Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства проектов положений о Федеральной службе по надзору в сфере здравоохранения и Федеральном медико-биологическом агентстве, предложений о предельной численности и фонде оплаты труда работников данных федеральных органов исполнительной власти и подведомственных Министерству организаций;
принятие решений об отмене противоречащих федеральному законодательству решений Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства, если иной порядок отмены решения не установлен законом;
назначение на должность и освобождение от должности по представлению руководителей Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства их заместителей, а также руководителей территориальных органов данных федеральных органов исполнительной власти;
назначение на должность государственной гражданской службы в Министерстве, присвоение классных чинов гражданской службы, оплата труда государственных гражданских служащих и освобождение от должности и увольнение с гражданской службы по инициативе представителя нанимателя или по соглашению сторон;
представление в Правительство Российской Федерации предложений о наложении дисциплинарных взысканий на статс-секретаря - заместителя Министра здравоохранения Российской Федерации, заместителей Министра здравоохранения Российской Федерации, руководителей Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства и об их поощрении;
принятие решений о премировании, установлении надбавок к должностным окладам и об оказании материальной помощи руководителям Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства;
согласование проектов регламентов Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства;
утверждение по представлению руководителей Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства административных регламентов исполнения государственных функций и административных регламентов предоставления государственных услуг;
утверждение схемы размещения территориальных органов Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства;
утверждение типовых положений о территориальных органах Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства;
согласование отпусков руководителей Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства;
принятие решений (в соответствии с законодательством Российской Федерации) о поощрении и награждении федеральных государственных гражданских служащих Министерства, Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства, назначаемых и освобождаемых от должности Министром здравоохранения Российской Федерации, а также о наложении на них дисциплинарных взысканий;
представление в установленном порядке федеральных государственных гражданских служащих Министерства, Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и Федерального медико-биологического агентства, других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почетных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации;
решение вопроса о командировании за границу статс-секретаря - заместителя Министра здравоохранения Российской Федерации, заместителей Министра здравоохранения Российской Федерации;
установление статс-секретарю - заместителю Министра здравоохранения Российской Федерации, заместителям Министра здравоохранения Российской Федерации, директорам департаментов, помощникам и советникам Министра здравоохранения Российской Федерации надбавки к должностному окладу за работу со сведениями, составляющими государственную тайну;
внесение в установленном порядке предложений о присвоении статс-секретарю - заместителю Министра здравоохранения Российской Федерации, заместителям Министра здравоохранения Российской Федерации, директорам департаментов, помощникам и советникам Министра здравоохранения Российской Федерации классных чинов государственной гражданской службы;
предоставление отпуска статс-секретарю - заместителю Министра здравоохранения Российской Федерации, заместителям Министра здравоохранения Российской Федерации, директорам департаментов, помощникам и советникам Министра здравоохранения Российской Федерации;
продление срока нахождения на государственной службе государственных гражданских служащих, замещающих должности государственной гражданской службы высшей группы должностей;
образование коллегии Министерства и утверждение ее персонального состава;
внесение в Правительство Российской Федерации предложений о создании правительственных координационных и совещательных органов, а также организационных комитетов;
образование, реорганизация и упразднение межведомственных комиссий и советов;
иные исключительные полномочия Министра здравоохранения Российской Федерации, установленные законами и иными нормативными правовыми актами.