Остров Медный
Заповедник занимает всю территорию острова, за исключением следующих участков:
- земли, отведенные погранзаставе о. Медный;
- территория бывшего села Преображенское, включая кладбище (по обоим берегам реки Гаванской);
- коса, отделяющая озеро Жировое от бухты Жировой с границами, проходящими по урезу воды озера и бухты и по нижней части склона с северной стороны;
- коса, отделяющая озеро Гладковское от бухты Гладковской с границами, проходящими по линии от выхода берегового обрыва к побережью бухты Гладковской по нижней части склона, далее по тропе до ее пересечения с ручьем, далее вниз по его руслу до впадения в озеро Гладковское и по урезу воды озера, протоки и бухты до выхода берегового обрыва к побережью бухты Гладковской.
На заповедной территории о. Медный выделяются две буферные зоны:
1) Юго-Восточная оконечность острова - от бухты Перешеек Островной на юго-восток по береговой линии, огибая юго-восточную оконечность острова через мысы Юго-Восточным и Южный, затем на северо-запад по береговой линии до бухты Секачинская, и далее в восточном направлений# через наиболее низкую часть Перешейка до бухты Перешеек Островной;
2) Окрестности бывшего села Преображенское - от бухты Солдатская 2-ая на северо-запад по береговой линии до бухты Васильевская. Далее по северному краю (борту) долины реки Васильевская до ее истока. Затем в северо-западном направлении по тропе, идущей из бухты Преображенской в Бухту Песчаную, далее по южному краю (борту) долины реки Песчаной до ее истока и затем по северному краю (борту) долины этой реки до Бухты Песчаной, далее в юго-восточном направлении по береговой линии до устья реки Топалевской (бухта Топалевская), затем по руслу реки Топалевской до ее верховий, далее по тропе на северо-запад до ее пересечения с рекой Солдатская 2-ая, затем по руслу этой реки до бухты Солдатская 2-ая.
Вся остальная территория о. Медный входит о# состав заповедных ядер.
Остров Топорков
Остров целиком входит в состав заповедника. На острове выделяется буферная зона в его южной части с сухопутной границей по линии от границы скал и низкого берега на западном побережье острова и по прямой в направлении на село Никольское. В буферную зону входят также затопляемые во время прилива камни, расположенные у юго-западного побережья острова.
Вся остальная часть острова к северу от границы буферной зоны входит в состав заповедного ядра.
Остров Арий Камень.
Остров целиком входит в состав заповедного ядра за исключением полосы вдоль скальных площадок на восточном склоне, которая является буферной зоной.
Морская акватория.
В состав заповедника как заповедная акватория входит вся морская акватория в пределах 30-мильной зоны, окружающей острова Командорского архипелага, за исключением 5-мильной прибрежной полосы, прилегающей к северной части острова Беринга и не входящей в состав акваторий заповедника.
Внешняя граница 5-мильной прибрежной полосы, не входящей в состав заповедника, проходит на расстоянии 5 миль от береговой линии северной части о. Беринга: от бухты Непропусковой (между бухтами Подутесная и Полуденная) через северную оконечность острова до бухты Сосновая (между бухтами Большая Буяновская и Буян).
Внешняя граница входящей в заповедник морской акватории проходит на расстоянии 30 миль от береговой линии Командорского архипелага. Внутренняя граница проходит по береговой линии Командорских островов и по внешней границе 5-мильной прибрежной полосы, прилегающей к северной части о. Беринга.
В пределах 5-мильной прибрежной полосы, не входящей в состав заповедника, выделяются две 1-мильные буферные зоны вокруг острова Топорков и вокруг острова Арий Камень, которые входят в территорию заповедника. Границы этих зон проходят по береговой линии соответствующих островов (внутренние границы) и на расстоянии одной мили от их береговой линии (внешние границы).
В пределах входящей в заповедник морской акватории выделяются три 1-мильные буферные зоны, прилегающие к наземным буферным зонам островов Беринга и Медного:
1) Половинный участок на о. Беринга - границы проходят от устья реки Мякишевской (впадает в бухту Сосновая) на юго-восток по береговой линии до мыса Развальный (внутренняя граница) и на расстоянии одной мили от этого участка береговой линии (внешняя граница);
2) Юго-Восточный участок на о. Медный - границы проходят от бухты Перешеек Островной на юго-восток по береговой линии, огибая юго-восточную оконечность острова через мысы Юго-Восточный и Южный, затем на северо-запад по береговой линии до бухты Секачинская (внутренняя граница) и на расстоянии одной мили от этого участка береговой линии (внешняя граница);
3) Преображенский участок, на о. Медном - границы проходят от северного крыла бухты Песчаной в юго-восточном направлении по береговой линии до устья реки Топалевской в бухте Топалевской (внутренняя граница) и на расстоянии одной мили от этого участка береговой линии (внешняя граница).
Внутреннее зонирование остальной морской акватории, входящей в заповедник, и границы соответствующих зон устанавливаются Положением о морской акватории заповедника, утверждаемым Минприроды России.