определяет функции управлений и самостоятельных отделов Главного управления;
утверждает уставы (положения) подчиненных ему научно-исследовательских и других организаций;
распределяет обязанности между своими заместителями, определяет полномочия и задачи других должностных лиц;
издает приказы и распоряжения в пределах своих полномочий;
решает вопросы командирования сотрудников Главного управления в пределах Российской Федерации;
заключает, возобновляет, расторгает трудовые договоры (контракты) с сотрудниками Главного управления в соответствии с федеральным законодательством;
представляет Главное управление во взаимоотношениях с федеральными органами государственной власти, иными государственными органами и организациями;
представляет директору ФСТЭК России для внесения на рассмотрение Президента Российской Федерации и в Правительство Российской Федерации проекты нормативных правовых актов по вопросам, относящимся к ведению Главного управления;
представляет на утверждение директору ФСТЭК России штатное расписание Главного управления, а также штаты подчиненных ему научно-исследовательских и других организаций;
утверждает смету расходов на содержание Главного управления в пределах средств, выделенных из федерального бюджета на соответствующий год;
определяет условия и проводит конкурсы на замещение вакантных государственных должностей федеральных государственных служащих Главного управления;
вносит на утверждение директора ФСТЭК России представления о назначении сотрудников на должности в Главное управление и подчиненные ему научно-исследовательские и другие организации;
вносит на рассмотрение директора ФСТЭК России представления о награждении сотрудников Главного управления, подчиненных ему научно-исследовательских и других организаций, иных лиц, оказывающих содействие в решении возложенных на Главное управление задач, государственными наградами Российской Федерации, Почетной грамотой Президента Российской Федерации, ведомственными наградами, именным огнестрельным и холодным оружием, об объявлении благодарности Президента Российской Федерации, а также о присвоении им почетных званий и классных чинов;
решает в пределах своей компетенции вопросы обеспечения правовой и социальной защиты сотрудников Главного управления, подчиненных ему научно-исследовательских и других организаций;
организует работу аттестационной (квалификационной) комиссии для определения уровня профессиональной подготовки федеральных государственных служащих и соответствия их занимаемым должностям, а также для решения вопроса о присвоении федеральным государственным служащим квалификационных разрядов;
определяет порядок и условия выплаты денежного содержания федеральным государственным служащим Главного управления;
организует в установленном порядке выплаты надбавок, доплат, премий и других вознаграждений сотрудникам Главного управления;
организует проверки подчиненных ему научно-исследовательских и других организаций, осуществляет контроль их финансовой и хозяйственной деятельности;
заключает на конкурсной основе договоры с организациями на выполнение научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ в областях, относящихся к компетенции Главного управления;
утверждает документы на списание затрат на выполненные научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы в объеме средств, выделенных на эти работы Главному управлению;
создает межведомственные рабочие и экспертные группы, привлекает ведущих специалистов различного профиля, в том числе на договорной основе, к осуществлению аналитических и экспертных работ по вопросам, относящимся к компетенции Главного управления.