МДС 81-15.2000. Методические рекомендации по составу и учету затрат, включаемых в себестоимость проектной и изыскательской продукции (работ, услуг)  для строительства, и формированию финансовых результатов стр. 4

оплата работ по сертификации продукции;
оплата патентных услуг;
оплата услуг по обеспечению противопожарной, сторожевой и вневедомственной охраны по договорам;
плата за аренду основных производственных фондов и оплата коммунальных услуг, потребляемых организацией;
оплата услуг банка (в соответствии с заключенными договорами);
оплата услуг сторонних организаций по переводу с иностранного или на иностранный язык технической (проектно-сметной) документации и литературы, оплата услуг переводчиков во время проведения деловых контактов;
износ по нематериальным активам;
расходы по охране труда и технике безопасности, предусмотренные законодательством для соответствующих категорий работников;
затраты, предусмотренные законодательством, связанные с набором рабочей силы, включая оплату выпускникам средних профессионально-технических училищ и молодым специалистам, окончившим высшее или среднее специальное учебное заведение, проезда к месту работы (кроме оплаты отпуска перед началом работы, выпускников и молодых специалистов, включаемой в подпункт  "е" п.2.4.9);
другие общепроизводственные расходы.
2.5. Не включаются в себестоимость проектно-изыскательских работ:
затраты на выполнение силами организации (или оплату) работ и услуг, не связанных с производством проектно-изыскательских работ;
расходы и потери, отражаемые на счете учета прибылей и убытков;
расходы, осуществляемые за счет прибыли, остающейся в распоряжении проектно-изыскательской организации, и других целевых поступлений.

3. Учет фактических затрат на производство проектно-изыскательских работ

3.1. Учет затрат на проектно-изыскательские работы в бухгалтерском учете может вестись методом накопления затрат за определенный период времени или по позаказному методу в разрезе статей или по элементам затрат.
При применении позаказного метода объектом учета является отдельный заказ, открываемый на каждый объект (вид работ) в соответствии с заключенным договором. При выполнении работ по типовому проектированию или проектов с непродолжительными сроками их разработки учет может вестись по методу накопления затрат.
Прямые затраты (затраты на оплату труда производственного персонала; отчисления на социальные нужды; расходы, связанные с применением электронно-вычислительной техники и др.) учитываются непосредственно по статьям на основании первичных документов.
Накладные расходы предварительно учитываются на счете "Общехозяйственные расходы" в разрезе установленной номенклатуры статей. Ежемесячно их общая стоимость перечисляется на счет "Основное производство" с отражением по статье "Накладные расходы".
При организации учета себестоимости проектно-изыскательских работ по отдельным объектам изысканий и проектирования накладные расходы могут распределяться по объектам учета с использованием методов, обеспечивающих наиболее точное определение себестоимости выполняемых работ (пропорционально прямым затратам или расходам на оплату труда работников и др.).
3.2. Учет фактических затрат в проектно-изыскательских организациях, осуществляющих изыскания, в зависимости от постановки внутрихозяйственного учета, а также в целях обеспечения анализа использования средств по смете затрат на выполнение как проектных, так и изыскательских работ может вестись по установленной номенклатуре статей с выделением по соответствующим статьям затрат, в том числе на изыскательские работы.
3.3. Фактические затраты на проектно-изыскательские работы, выполненные собственными силами, учитываются на отдельном субсчете счета "Основное производство".
Выполненные субподрядными организациями объемы работ, оплаченные или принятые к оплате генпроектировщиком, учитываются генпроектировщиком на отдельном субсчете счета "Основное производство".
При ведении учета по отдельным заказам затраты по выполненным проектно-изыскательским работам накапливаются на счете "Основное производство" до их сдачи заказчику. В случае сдачи заказчику в соответствии с договором отдельных этапов работ, проектов затраты на сдаваемый этап, проект (в том числе учитываемые методом накопления) принимаются в доле, определяемой пропорционально сметной (договорной) стоимости сдаваемого этапа, проекта к полной сметной (договорной) стоимости работ по данному договору, если иное не предусмотрено договором.
3.4. В соответствии с принятым согласно договору порядком расчетов и определением выручки затраты по выполненным и сданным работам списываются с кредита счета "Основное производство" (с учетом оплаченных или принятых к оплате генпроектировщиком субподрядных работ) в дебет счета "Реализация продукции (работ, услуг)" или "Товары отгруженные".
Учет реализации проектно-изыскательских работ и выявление финансового результата осуществляется в общем порядке.

4. Формирование финансовых результатов

4.1. Конечный финансовый результат (прибыль или убытки) образуется как финансовый результат от реализации проектно-изыскательских работ, основных фондов и иного имущества проектно-изыскательской организации и доходов от внереализационных операций, уменьшенных на сумму расходов по этим операциям.
4.2. Прибыль (убытки) от реализации проектно-изыскательских работ определяется как разница между выручкой от реализации работ в действующих ценах без налога на добавленную стоимость и других вычетов, предусмотренных законодательством, и затратами на их производство и реализацию.
Предприятия, осуществляющие экспортную деятельность, при исчислении прибыли из выручки от реализации продукции (работ, услуг) исключают экспортные тарифы.
Выручка от сдачи заказчику работ определяется либо по мере их оплаты в полном объеме по договорной стоимости (при безналичных расчетах - по мере поступления средств за выполненную работу на счета в учреждения банков, а при расчетах наличными деньгами - при поступлении средств в кассу), либо по мере сдачи работ и передачи их в установленном договором порядке заказчику. При применении метода определения выручки по поступлению средств следует иметь в виду, что в выручку засчитывается стоимость сданных работ, полностью оплаченных заказчиком. Метод определения выручки от реализации работ устанавливается организацией на отчетный год исходя из условий хозяйствования и заключенных договоров и является элементом учетной политики организации.
Порядок и сроки приемки работ и расчетов за них устанавливаются в договоре по согласованию сторон. Расчеты могут осуществляться в форме авансов под выполненные работы по этапам или после завершения всех работ в целом по договору.
4.3. При определении прибыли от реализации основных фондов и иного имущества организаций учитывается разница (превышение) между продажной ценой без налога на добавленную стоимость и других вычетов, предусмотренных законодательством, и первоначальной (восстановительной) или остаточной стоимостью этих фондов и имущества.
4.4. К доходам, отраженным на счете "Прибыль и убытки", также относятся:
доходы, полученные на территории Российской Федерации и за ее пределами от долевого участия в деятельности других предприятий, дивиденды по акциям и доходы по облигациям и другим ценным бумагам, приобретенным организацией;
доходы от сдачи имущества в аренду;
доходы от дооценки производственных запасов и готовой продукции, производимой в установленном порядке;
присужденные или признанные должником штрафы, пени, неустойки и другие виды санкций за нарушение условий хозяйственных договоров, а также доходы от возмещения причиненных убытков;
прибыль прошлых лет, выявленная в отчетном году;
положительные курсовые разницы по валютным счетам, а также операциям в иностранной валюте;
другие доходы от операций, непосредственно не связанных с производством и реализацией продукции (работ, услуг).
4.5. К расходам и потерям, отраженным на счете "Прибыль и убытки", относятся:
затраты по расторгнутым договорам, по аннулированным производственным заказам, а также затраты на производство, не давшее продукции;
затраты на содержание законсервированных производственных мощностей и объектов (кроме затрат, возмещаемых за счет других источников);
не компенсируемые виновниками потери от простоев по внешним причинам;
потери от уценки производственных запасов и готовой продукции;
убытки по операциям с тарой;
судебные издержки и арбитражные расходы;
присужденные или признанные штрафы, пени, неустойки и другие виды санкций за нарушение хозяйственных договоров, а также расходы по возмещению причиненных убытков;
суммы сомнительных долгов по расчетам с другими предприятиями, а также отдельными лицами, подлежащие резервированию в соответствии с законодательством;