- рыболовства и аквакультуры;
- довузовского образования;
- заочного обучения;
- региональный.
2.2. Факультет военного обучения.
2.3. Учебно-вспомогательные подразделения:
- издательско-полиграфический комплекс;
- технический секретариат приемной комиссии;
- библиотека;
- музей истории университета;
- департамент информатизации;
- социальный департамент;
- департамент информационной и рекламной политики;
- молодежный центр;
- отдел международных связей;
- центр маркетинговых исследований;
- центр трудоустройства и содействия занятости молодежи.
2.4. Научно-учебные подразделения:
- учебное управление;
- русско-японский учебный центр по переработке;
- учебно-тренажерные центры;
- научно-исследовательский институт прогрессивных информационных технологий обучения;
- научно-исследовательский институт инновационных технологий;
- центр по охране интеллектуальной собственности;
- центр компьютерных технологий в рыболовстве и образовании;
- учебно-методический центр профессиональных бухгалтеров;
- научно-экспериментальный центр марикультуры в поселке Славянка;
- отдел подготовки кадров высшей квалификации.
2.5. Административно-управленческие подразделения:
- ректорат;
- управление кадров;
- бухгалтерия;
- финансово-экономический отдел;
- юридический отдел;
- отдел материально-технического обеспечения;
- первый отдел;
- управление делами;
- организационно-строевой отдел.
2.6. Административно-хозяйственные подразделения:
- административно-хозяйственная часть;
- гараж;
- склад;
- АТС;
- служба главного механика;
- служба главного энергетика;
- ремонтно-строительный участок;
- курсантская столовая.
3. Учебно-производственный флот:
- учебное парусное судно (УПС) "Паллада";
- СРТМК "Монокристалл";