Управление программ и проектов
1. Государственное учреждение "Государственная Дирекция целевой научно-технической программы" (г. Москва)
2. Государственное учреждение "Центр содействия интеграции высшего образования и фундаментальной науки" (г. Москва)
3. Федеральное государственное учреждение "Научно-исследовательский институт - Республиканский исследовательский научно-консультационный центр экспертизы" (г. Москва)
4. Государственное учреждение "Российский научно-исследовательский институт экономики, политики и права в научно-технической сфере" (г. Москва)
Управление финансирования, учета и отчетности
1. Государственное научное учреждение "Экспертно-аналитический центр" (г. Москва)
II. Федеральные государственные унитарные предприятия
Управление развития поисковых исследований и новых технологий
1. Федеральное государственное унитарное предприятие "Центральный научно-исследовательский и проектный институт лесохимической промышленности", (г. Нижний Новгород)
2. Федеральное государственное унитарное предприятие "Опытный завод Всероссийского электротехнического института имени В.И. Ленина" (г. Москва)
3. Государственное унитарное предприятие "Государственный научно-исследовательский институт особо чистых материалов" (г. Москва)
4. Федеральное государственное унитарное предприятие "Государственный ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский институт химических реактивов и особо чистых химических веществ" (г. Москва)
5. Государственное унитарное предприятие "Всероссийский электротехнический институт имени В.И. Ленина" (г. Москва)
6. Федеральное государственное унитарное предприятие "Ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский физико-химический институт имени Л.Я. Карпова" (г. Москва)
7. Федеральное государственное унитарное предприятие "Государственный научно-исследовательский институт генетики и селекции промышленных микроорганизмов" (г. Москва)
8. Федеральное государственное унитарное предприятие "Российский научный центр "Прикладная химия" (г. Санкт-Петербург)
9. Федеральное государственное унитарное предприятие "Центральный научно-исследовательский институт конструкционных материалов "Прометей" (г. Санкт-Петербург)
10. Федеральное государственное унитарное предприятие "Всероссийский научный центр "Государственный оптический институт имени С.И. Вавилова" (г. Санкт-Петербург)
11. Федеральное государственное унитарное предприятие "Научно-исследовательский институт синтетического каучука имени академика С.В. Лебедева" (г. Санкт-Петербург)
12. Федеральное государственное унитарное предприятие "Государственный научно-исследовательский институт конструкционных материалов на основе графита "НИИграфит" (г. Москва)
13. Федеральное государственное унитарное предприятие "Всероссийский научно-исследовательский и проектный институт тугоплавких металлов и твердых сплавов" (г. Москва)
14. Федеральное государственное унитарное предприятие "Государственный научно-исследовательский и проектный институт редкометаллической промышленности "Гиредмет" (г. Москва)
Управление инновационного развития и инфраструктуры
1. Федеральное государственное унитарное предприятие "Всероссийский центр переводов научно-технической литературы и документации" (г. Москва)
2. Федеральное государственное унитарное предприятие "Всероссийский научно-технический информационный центр" (г. Москва)
3. Федеральное государственное унитарное предприятие "Внешнеэкономическое объединение "Внештехника" (г. Москва)
4. Федеральное государственное унитарное предприятие "Центр технологий микроэлектроники" (г. Москва)
5. Государственное унитарное предприятие "Инженерно-технический центр "Силовые импульсные системы" (г. Москва)
6. Государственное унитарное предприятие "Научно-производственный центр экологических и геотехнических проблем "Экогеоцентр" (г. Москва)
7. Федеральное государственное унитарное предприятие "Научно-опытно-конструкторское предприятие "Лед" (г. Нижний Новгород)
8. Ассоциация учебно-научных организаций "Российский материаловедческий центр" (г. Томск)
9. Федеральное государственное унитарное предприятие "Центр информационных технологий и систем органов исполнительной власти" (г. Москва)
10. Федеральное государственное унитарное предприятие "Государственный научно-исследовательский институт операционных систем" (г. Москва)