Заместители директора Департамента - начальники отделов (2)
1. Отдел нормативного регулирования деятельности особо охраняемых территорий (9)
2. Отдел нормативного регулирования сохранения биоразнообразия, охраны биоресурсов и среды их обитания (11)
3. Отдел обеспечения нормирования качества и охраны почв, земель, поверхностных вод и атмосферного воздуха (10)
4. Отдел регулирования деятельности по обращению с отходами (7)
5. Отдел нормативного обеспечения экологической безопасности при особых видах воздействия на окружающую среду (5)
6. Отдел нормативного и методического обеспечения государственной экологической экспертизы (6)
3. Правовой Департамент (50)
Директор Департамента (1)
Заместители директора Департамента - начальники отделов (2)
1. Отдел законодательства о недрах и водного законодательства (10)
2. Отдел лесного и смежного законодательства (10)
3. Отдел законодательства в области охраны окружающей среды (11)
4. Отдел юридического сопровождения деятельности МПР России (11)
5. Отдел планирования и координации взаимодействия с палатами Федерального Собрания Российской Федерации (5)
4. Департамент управления делами и кадров (67)
Директор Департамента (1)
Заместители директора Департамента - начальники отделов (2)
1. Отдел кадров (9)
2. Отдел делопроизводства (18)
3. Административно-хозяйственный отдел (7)
4. Спецотдел (7)
5. Организационно-инспекторский отдел (7)
6. Отдел оперативного контроля (8)
7. Отдел финансового контроля (8)
5. Департамент экономики и финансов (62)
Директор Департамента (1)
Заместители директора Департамента - начальники отделов (2)
1. Отдел бюджетного планирования (15)
2. Отдел экономики природопользования (13)
3. Финансовый отдел (10)
4. Отдел бухгалтерского учета (9)
5. Отдел организации и координации НИОКР (6)
6. Отдел информационных ресурсов и технологий (6)
6. Департамент международного сотрудничества в области охраны окружающей среды и природопользования (39)
Директор Департамента (1)
Заместители директора Департамента - начальники отделов (2)
1. Отдел регулирования двустороннего сотрудничества (6)
2. Отдел конвенций и многосторонних соглашений (6)
3. Отдел сотрудничества со странами СНГ (6)
4. Отдел сотрудничества с международными организациями и ЕС (6)
5. Отдел протокола (7)
6. Отдел государственных докладов (5)
Общая численность структуры составляет 370 единиц